Zespół Szkół im. Bolesława Prusa w Pułtusku jest szkołą z długoletnią tradycją. Jako Zespół Szkół funkcjonuje od 1993 roku, zaś korzenie istnienia szkoły sięgają czasów powojennych.

Olbrzymie spustoszenia w szeregach nauczycielskich w czasie II wojny światowej oraz ogromne potrzeby w zakresie kształcenia dzieci i młodzieży zadecydowały o tym, że już 8 października 1945 r. utworzono Liceum Pedagogiczne. Liceum to było swoistą kontynuacją koedukacyjnego Seminarium Nauczycielskiego działającego na ziemiach pułtuskich w latach 1918-1935. Dzięki niemu Pułtusk ponownie stał się miastem kształcenia kandydatów na nauczycieli, pielęgnując w ten sposób tradycje sięgające XVI w.

Szkoła znalazła pomieszczenia w budynku Gimnazjum Żeńskiego im. K. Potockiej. Organizatorem i pierwszym dyrektorem był Bronisław Gilejko. Wraz z młodzieżą, szczupłą kadrą pedagogiczną i woźnymi przystąpił do niezbędnych prac porządkowych. Obiekt dzisiejszego Zespołu Szkół prawie nie istniał. Leżał w gruzach, w znacznej części zachowały się jedynie fundamenty. Pierwsza część odbudowywanego budynku została oddana do użytku w 1949 r. Dalsza odbudowa i budowa sali gimnastycznej wraz z budynkiem mieszkalnym dla nauczycieli została zakończona dopiero w 1962 roku. Liceum w momencie utworzenia nie dysponowało odpowiednim sprzętem szkolnym, przyborami i podręcznikami. Uczniowie z braku zeszytów pisali na najrozmaitszych kartkach. Z powodu zimna i braku opału w czasie lekcji często siedzieli w paltach i rękawiczkach. W ławkach zasiadała młodzież w wieku od 18 do 23 lat, a więc pokolenie bez właściwej młodości, wcześnie dojrzałe okupacyjnym i wojennym doświadczeniem. Pokolenie pracowite i optymistycznie spoglądające w swoją przyszłość. W roku szkolnym 1945/46 uruchomiono 4 oddziały. W roku kolejnym funkcjonowało już 9 oddziałów z łączną liczbą 302 uczniów. Od 1947 r. funkcję dyrektora LP pełnili kolejno: Stanisław Złomaniec, Wiktor Korniszewski, mgr Wacław Palewski. Młodzież LP w Pułtusku rekrutowała się głównie z powiatów: pułtuskiego, wyszkowskiego, ciechanowskiego, makowskiego, płońskiego, ostrowsko-mazowieckiego i nowodworskiego. Olbrzymią większość uczniów (ok. 85%) stanowiła niezamożna młodzież robotniczo-chłopska, zdecydowaną przewagę stanowiły dziewczęta (ok. 75% ogółu uczniów). Liceum Pedagogiczne znane było z wysokiego stopnia aktywności młodzieżowych organizacji ideowo-wychowawczych (ZWM, „Wici”, ZMD, ZMP). Ich członkowie bardzo często wyjeżdżali na wiece i masówki na pułtuską wieś, a także intensywnie walczyli z analfabetyzmem. W ciągu 25 lat istnienia pułtuskie LP wydało 1331 świadectw dojrzałości absolwentom zdobywającym wiedzę systemem stacjonarnym oraz ponad 830 dyplomów nauczycielom czynnym zawodowo, zdobywającym kwalifikacje w ramach korespondencyjnego LP oraz Komisji Rejonowej Kształcenia Nauczycieli.

 1 września 1966 r. przy Liceum Pedagogicznym powstało 5-letnie LP dla Wychowawczyń Przedszkoli. W okresie tym dyrektorem szkoły był mgr Tadeusz Waleśkiewicz.

1 września 1971 r. Liceum Pedagogiczne wygasło, a Liceum Pedagogiczne dla Wychowawczyń Przedszkoli zostało przekształcone w Studium Wychowawczyń Przedszkoli. Funkcję dyrektora objął mgr Zygmunt Kiljan.

1 września 1972 r. stworzono 2-letni pomaturalny wydział dziennego Studium Wychowawczyń Przedszkoli na podbudowie Liceum Ogólnokształcącego. W 1976 r. kierownictwo nad szkołą objął mgr Jerzy Stepaniuk, który sprawował tę funkcję najdłużej, bo aż 17 lat.

1 września 1980 r. powołano zaoczne Studium Wychowawczyń Przedszkola dla pracujących nauczycieli.

1 września 1984 r. SWP przekształcono w Studium Nauczycielskie.

1 września 1991 r. utworzono II Liceum Ogólnokształcące, którego dyrektorem został mgr Aleksander Orłowski.

1 września 1993 r. powołano Zespół Szkół, który powstał w wyniku połączenia II Liceum Ogólnokształcącego z Zasadniczą Szkołą Zawodową Nr 2 w Pułtusku. Pierwszym dyrektorem Zespołu był mgr Franciszek Dąbek. Pełnił tę funkcję 16 lat, do 31 sierpnia 2009 r. 1 września 2009 r. funkcję dyrektora objęła mgr Dorota Orłowska.

Struktura Zespołu Szkół w latach 1993-2018 przedstawiała się następująco: